Este Museo se construyó en 1963, como parte del PROGRAMA NACIONAL FRONTERIZO (PRONAF). Se abrió al público en 1964 en el periodo presidencial de Adolfo López Mateos. Uno de los objetivos que el PRONAF tenía era la creación de centros culturales y de diversión a lo largo de toda la franja fronteriza de México con los Estados Unidos. Aquí en Ciudad Juárez se realizó este Museo, el edificio FONART, la Sala de Espectáculos del INBA (Centro Cultural de la Ciudad, en la actualidad) y el Lienzo Charro López Mateos. El diseño arquitectónico es único y una muestra de arte contemporáneo, obra del célebre arquitecto Pedro Ramírez Vázquez quien ha colaborado en proyectos como El Museo de Arte Moderno de la Ciudad de México, la Basílica de Guadalupe y el Estadio Azteca.

El elemento central y principal del conjunto, consiste en un gran recinto de forma circular de 400 metros cuadrados de superficie, cubierta con una cúpula de plástico translúcida (resina-poliéster) de más de 28 metros de diámetro y 2 pulgadas de espesor,  en su momento constituyó una innovación en la industria de la construcción mexicana; el anexo a este cuerpo principal son dos salas semicirculares con un área de 441 metros cuadrados entre ambas y se comunican al cuerpo central por un pasillo; esta hecho de concreto, aluminio y vidrio.

Nombrado inicialmente como Museo de Arte e Historia, albergaba colecciones que mostraban cronológicamente las etapas del arte mexicano, desde las culturas arcaicas, hasta las últimas escuelas y tendencias de la época actual; también estuvo destinado a mostrar las artesanías mexicanas, el costumbrismo, así como el desarrollo industrial y comercial del país. Actualmente se exhibe de manera temporal obra plástica de artistas mexicanos contemporáneos,  por su ubicación el Museo también alberga obra de artistas extranjeros, sobre todo norteamericanos. Ha sido sede de exposiciones de grandes artistas plásticos nacionales e internacionales como: Rufino Tamayo, José Luis Cuevas, Sebastián, Luis Nishizawa, Vicente Rojo, Manuel Felguérez, Daniel Lezama, Lucia Maya, Shinzaburo Takeda, así como los artistas regionales: Alfredo Téllez “El Bandido”, Verónica Leyton, Adriana Peña Fernández y Antonio Ochoa,  entre otros. Además de las muestras de arte plástico, el Museo de Arte de Ciudad Juárez ha enriquecido su oferta cultural con conferencias y presentaciones literarias, ciclos de cine,  talleres de literatura, pintura, canto y fotografía,  cuenta también con una biblioteca y una explanada en el exterior.

Su director fundador fue el Arq. Felipe Lacouture Fornelli, seguido por el Arq. José Diego Lizárraga y posteriormente por el Dr. Enrique Cortazar y posteriormente por la Lic. Rosa Elva Vázquez Ruiz; en la actualidad es dirigido por el Lic. Christian Aurelio Diego Diego.